Задача с FTP и программированием

[_PROGRAMM_]

По теме: 21 порт может быть занят другим приложением, например, Skype его занимает, если не ошибаюсь.

Не, по-моему он 80 порт занимает. 21 не трогает. И все равно он не помешал бы, мы же на FTP-сервер отправляем файл, а что на нем может делать Skype?
Фразы

Программа проверена, все работает, все нормально.

и

Однако, когда программа запускается на целевой машине

противоречат.
Может, для уверенности, попробовать отправить файл через FileZilla или MC?
Если программа на сокетах, то убедитесь, что проверялась она не через интерфейс внутренней петли.