Проблема немодального диалога в многопоточном приложении (Visual С++ 6 MFC Win32)

[Kernel_BuG]

Решил я написать на Visual С++ 6 под Win32 многопоточную программу с полноценным оконным GUI с применением MFC.
Возникла проблема: когда из под второго потока (не интерфейсного) запускаю немодальное диалоговое окно, виснет весь GUI, только работает кнопка Х на родительском окне из под первого (интерфейсного) потока. Причем если запускать этот же диалог, но только из под первого потока, то все работает!
Решил эту проблему обойти: когда второму потоку нужно отобразить немодальное окно, он меняет глобальную переменную bool bCreateWindow = true, а обработчик в первом потоке мгновенно перехватывает это изменение и создает это окно.
Но окончательная проблема оказалась в том, что я не смог реализовать обработчик! Уже жалею, что начал писать (точнее написал прогу на 90%) под MFC, ибо они (мелкомягкие) запрятали основной хендлер приложения, куда бы я мог всунуть код своего обработчика.
Вобщем сначала кинул код в функцию OnPaint, но оказалось, что окно рендерится далеко не каждый такт микропроцессора. Затем решил перекроить WINCORE.CPP всунув обработчик в int CWnd::RunModalLoop(DWORD dwFlags), но походу выяснилось, что компилятору плевать что там написано в мфц хедерах (да, я изменил код, и когда начал дебаггить, узрел наинтереснейшую картину как дебаггер скакал между строк кода и выполнял что-то совершенно другое, чем там было написано, да и программа в итоге работала как бы я ничего не менял).
Фуф, спасибо за внимание, если это кого заинтересовало, пожалуйста отпишитесь по любой из этих проблем.

[Kernel_BuG]

Походу полазил по Визарду и обнаружил, что там есть класс приложения и можно переопределить функцию обработчика приложения Run(). =)))
WINCORE.CPP менять не нужно, но все-таки было бы интересно узнать почему когда вносишь изменения в эти хедеры, это не отражается на реальном коде приложения.