Методы защиты ПО, есть ли выход из безвыходной ситуации?

[JTG]

под каждого клиента делать вычисления, пихать уравнения

Это автоматизируется, принцип не слишком отличается от полиморфных вирусов. Так, например, распространяется IDA Pro - в каждом билде есть несколько уникальных файлов, то есть сам вариант кода и служит "меткой". Т.о. нельзя создать кряк и можно вычислить покупателя, нарушившего лицензионное соглашение.

[flance]

Всё, что можно запустить, можно изменить, а значит взломать.
Можно только немного осложнить и запутать.

[_Ч_]

если есть возможность распилить прогу на клиентскую и серверную часть, то все самое полезное можно выполнять на серверной стороне при запросах от авторизированных юзеров. способ конечно со своими минусами и не для всех программ и клиентов подходит.